《妖怪宝可萌》采用回合制战斗模式，最多上场6名宠物小精灵，以一方小精灵全部战败来判定战斗结束。

《妖怪宝可萌》宠物主要通过扭蛋和野外捕捉获得。当地图显示精灵球图标时即表示有野生小精灵可以捕捉啦，用藤鞭或撞击来降低野生小精灵的血值，小精灵越低血值使用精灵球捕捉的机率越高。

《妖怪宝可萌》对宠物的培养需求是很高的，如果没有及时培养宠物，战斗力没有增加，在后面的战斗就会越打越吃力，所以玩家得到了宠物小精灵，就好好培养它们吧。

《妖怪宝可萌》拥有原作的宠物进化系统，让玩家可以真正体验到自己的宠物培养，升级、进化、培养开赋，强力的战斗宠物就此产生。同时各宠物之间还将会有组合特效，特定的宠物同时上场将会有额外的属性增加哦。