《圣剑神域3D》中设计有佣兵系统，玩家可以召唤骷髅，死尸怪，幽灵，尸巫，石像鬼，恶魔，蜘蛛等各种重口味生物，玩家通过抽卡系统抽取获得。

游戏中玩家最多可以携带3只佣兵同时出战。

《圣剑神域3D》中每个宠物都有自己的属性和装备穿戴，还有技能发展，可以说是一个独立的个体。

《圣剑神域3D》的战斗系统比较独特，勇者没有固定的技能，获取技能是通过使用技能书来实现的。每个勇者有6个技能位，每个技能位可以放置1个基本技能和2个辅助技能。基本技能通过技能书实现，而辅助技能则是通过符文石实现。技能位上的技能书和符文石可以任意更换，因此玩家可自由组合技能书和符文石，打造出自己想要的技能套组。