《X幻想》的副本玩法非常丰富，也很有特色。游戏副本几乎没三个等级就设有一个新副本，而且每个副本都分为普通、精英、英雄、噩梦、地狱五种难度。玩家可以选择个人挑战或者团队挑战，以最短时间完成副本击杀的将会获得额外奖励。

挑战副本：监狱

玩家等级：11-17级

挑战时间：5分钟

最少杀敌数：20

描述：贪狼星基地，叛徒熊餐害死了桃子队长、魂三之后，被守备队长找出证据看破身份后躲进监狱，联合监狱里的菊花怪奋力抵抗着贪狼星众人的制裁。

挑战副本：困龙谷

玩家等级：16-22级

挑战时间：5分钟

最低杀敌数：80

描述：焦敖用一块赤色石头打磨成了一个棋盘，并布下残局，邀人破局。有一天弈破掉了棋局，才了解到焦敖因为自负内心已经被棋盘上的恶灵控制，每次有人破了他的棋局后，他就会把这个赢过他的人变成雕像。

挑战副本：长狄洞一层

玩家等级：18-27级

挑战时间：30分钟

最少杀敌数：200

描述：长狄洞是虫族的栖息地。却不知长狄洞里埋藏着大量宝藏，引来塔山各种生物的窥视，从而爆发战争。死伤大量虫族的虫子们开始仇视任何窥视长狄洞的生物，他们已经装备好了一场盛宴，准备埋葬入侵他们家园的一切生物。

挑战副本：魔君寝宫

玩家等级：21-27级

挑战时间：8分钟

最低杀敌数：20