游戏中，玩家要跟主线任务剧情推进并同时培育角色，为了对抗阶段性变强的敌人，也须不断考虑队伍该如何编组。

战斗会依据敏捷算出时间轴，敌我双方将自动依序进行攻击。角色分为擅长攻击的、攻击性能低落但能回复血量及复活的、防御力高且能吸引敌方炮火的三种类型，依据这三种类型会决定战斗中的行动。

各角色拥有的主动技能，设计成只要预先点击对应的技能图像，轮到该角色行动时就会发动。只是主动技能一旦使用就会发生冷却就暂时无法使用。要打赢战斗，何时使用主动技能将成为重要关键。

另外，对敌方造成伤害或是陷入危机时画面右下的量表就会上升，此量表蓄满后就能在任意时机使用本作必杀技地位的神谕协击。此效果会根据队伍队长而改变，但全都是能逆转战局的强力招式。

再加上，《UNITIA》战斗中会有一定机率，在受到伤害时进行反击，或在攻击时发生追加攻击等特殊行动。看到这类特殊行动发生数次，连续斩切敌人的情境相当爽快。

此外，包含敌我双方在内，全角色都设有蓝、红、绿、黑、白的属性，而相克关系则是蓝对红有利、对白不利依此类推（蓝＞红＞绿＞黑＞白＞蓝……）。游戏初期虽能根据角色的培育状况颠覆不利局面，但随着剧情推展，或是遇上限定期限的活动战，想必就得凑齐有利属性的角色再挑战了。