《曙光学园》战斗系统是采取全自动的策略回合制,玩家利用自己精心培养的卡片,去击退各个强大的对手。战斗系统简单分为「区块、敏捷、技能、COST」,区块为依照顺序放技能的依据,同时也是被攻击顺位;敏捷为先後攻击的判定标准,敏捷高者可优先攻击;技能是卡牌游戏的核心,每张卡片都有不同技能特性;COST是卡片的空间大小,同时代表需要消耗掉的BP数量。
《曙光学园》在进入战斗前可先从队形显示观察敌人的阵容组成,再编制出最佳化的应对阵容,双方阵容将会依序释放各自专属的特殊华丽技能,如果配置得当,或许还有机会演出小虾米扳倒大鲸鱼的戏码,来场精采漂亮的逆转胜。要如何克敌制胜,组出一支常胜军,还需要玩家在编制上发挥创意和巧思了。